開発環境のCognitoのユーザープールを一掃したいケースが増えてきたので、スクリプトを作りしました。
ユーザー件数が多いとTooManyRequestsExceptionでとまりますが、一度に数百件ほど削除できた様子なので、根気強くリトライしましょう。

/**
 * Dev環境のCognitoユーザーを削除します、一度に大量のユーザー削除を行うとTooManyRequestsExceptionエラーで停止しますが、根気強く頑張ってください
 * @type {string}
 */
const profile = 'xxxx';
const region = 'ap-northeast-1';
const AWS = require("aws-sdk");
AWS.config.credentials = new AWS.SharedIniFileCredentials({profile});
AWS.config.update({
  region
});
const userPoolId = 'ap-northeast-1_xxxx'; // dev環境のCognito
const cognitoIdentityServiceProvider = new AWS.CognitoIdentityServiceProvider({
  apiVersion: '2016-04-18'
});

(async () => {
  const params = {
    UserPoolId: userPoolId,
    Limit: 60
  };
  const res = await cognitoIdentityServiceProvider.listUsers(params).promise()
  await Promise.all(
    res.Users.map(user => new Promise((resolve, reject) => {
      cognitoIdentityServiceProvider.adminDeleteUser({
        Username: user.Username,
        UserPoolId: userPoolId
      }, (err, data) => {
        if (err) reject(err)
        resolve(data)
      })
    }))
  );

  let PaginationToken = res.PaginationToken;
  while (PaginationToken) {
    const r = await cognitoIdentityServiceProvider.listUsers({
      UserPoolId: userPoolId,
      Limit: 60,
      PaginationToken
    }).promise()
    await Promise.all(
      r.Users.map(user => new Promise((resolve, reject) => {
        cognitoIdentityServiceProvider.adminDeleteUser({
          Username: user.Username,
          UserPoolId: userPoolId
        }, (err, data) => {
          if (err) reject(err)
          resolve(data)
        })
      }))
    );
    if (!r.PaginationToken) break;
    PaginationToken = r.PaginationToken;
  }
})();